2001 και 2003: Τα facelifts της BMW E46

Το 2001 η BMW έκανε μια ανανέωση στο sedan και στο touring E46, Στη «γλώσσα» της εταιρείας το «facelift» ξεκίνησε να αναφέρεται ως «LCI» (Life Cycle Impulse /ώθηση κύκλου ζωής) από το συγκεκριμένο αυτοκίνητο και έπειτα.
Τα ανανεωμένα μοντέλα ξεχωρίζουν από τα φανάρια που είναι πιο «αμυγδαλωτά», το καπό με τα νέα «νεφρά», τα επανασχεδιασμένα πίσω φώτα, καθώς και τους διαφοροποιημένους προφυλακτήρες που είχαν πιο minimal σχεδιασμό.
Στο εσωτερικό άλλαξε η έγχρωμη οθόνη του συστήματος πλοήγησης, η οποία έγινε φαρδύτερη.



2 χρόνια αργότερα ανανεώθηκαν και οι coupe και cabrio εκδόσεις της BMW E46. Τα φανάρια είναι επανασχεδιασμένα και διαφορετικά από αυτά των sedan, κάτι που ισχύει και για τους προφυλακτήρες. Ουσιαστικά αυτή ήταν η έναρξη της οπτικής διαφοροποίησης στον εμπρόσθιο πρόβολο μεταξύ των sedan και coupe εκδοχών της Σειράς 3, η οποία συνεχίστηκε στο μέλλον με αλλαγή στις κωδικές ονομασίες (π.χ E90/E92 στην επόμενη γενιά).
Τα πίσω φωτιστικά σώματα των facelift (ή LCI) BMW E46 είναι τεχνολογίας LED, ενώ στον extra εξοπλισμό τα μπροστινά έχουν προσαρμοζόμενη δέσμη.

Το 2005 η BMW E46 είχε φτάσει στη δύση της, με την νέα E90 να βρίσκεται προ των πυλών. Τη συγκεκριμένη χρονιά σταμάτησαν να κατασκευάζονται οι sedan και touring εκδόσεις του μοντέλου, με την παραγωγή των coupe και cabrio να συνεχίζεται μέχρι το επόμενο έτος.
Συνολικά κατασκευάστηκαν 3 εκατομμύρια αντίτυπα της E46, τα οποία αγαπήθηκαν ιδιαιτέρως, τόσο από τους πρώτους ιδιοκτήτες τους, όσο και από τους νεότερους κατόχους τους, αφού για πολλούς αυτή η γενιά είναι η τελευταία «αναλογική» Σειρά 3 και αποτελεί τη «χρυσή τομή» μεταξύ των παλαιότερων πιο «ανόθευτων», και των επόμενων πιο τεχνολογικά εξοπλισμένων μοντέλων.